В качестве результата был продемонстрирован граф зависимостей Windows. В этом графе ~4000 вершин и ~35000 ребер. Получилось у него примерно следующее:


Первая мысль после увиденного: "Что за ерунда получилась! Я могу нарисовать не хуже". Попробовал. Нарисовал. Не уверен, что получилось сильно информативнее, но уж точно красивее.
Стоит отметить, что основной трудностью в данном случае является размер графа. Большинство современных систем хорошо рисуют графы с несколькими десятками вершин, с трудом обрабатывают сотни вершин, и уж совсем не справляются с тысячами. Поэтому имеет смысл отказаться от стандартных способов рисования и попробовать что-то новое. Все картинки кликабельны.

1. Первый вариант - самый традиционный. На графе запускается force-directed метод рисования с хитро подобранными весами ребер. В результате "похожие" вершины (в данном случае, модули Windows) располагаются ближе друг к другу. Кроме того, я выделил важные модули и связи между ними.

2.    Второй вариант похож на первый. Немного изменено визуальное представление элементов.


3. Одна из немногих современных систем для рисования, способная обрабатывать действительно любые графы, - Walrus - родила следующие картинки:


4.    Rainbow-like укладка. Смотрится неплохо, правда?


5.    "Flower" укладка. Чем важнее вершина в графе, тем ближе к центру она расположена. В данном случае в качестве меры
важности я считал pagerank вершины.


6.    Немного нестандартное облако меток. Размер метки соответствует ее значимости.


7.    Псевдо 3D укладка. Этот вариант мне нравится больше всего. Выделены как наиболее важные вершины, так и некоторые
"кластеры" Windows.


С Windows пока все. Дальше буду рисовать граф жж.